主要用於減低胃酸分泌,例如可用於:消化性潰瘍(胃、十二指腸潰瘍)、胃酸過多、反流性食道炎和卓一艾綜合症。奧美拉唑可與一些抗生素共用,以消滅胃腸內的Helicobacter pylori細菌,有助胃潰瘍康復。它亦可用在防止及治療非類固醇消炎劑所引起的潰瘍。
皮膚痕癢、頑癬、濕疹、香港手、香港腳、皮膚炎、皮膚搔癢、神經性皮膚炎、牛皮癬、疥癩、股癬、股溝癬、(脾罅癬)、陰部皮膚癬或痕、龜頭皮包炎、剝脫性皮膚炎、奶癬、頭癬、汗癬、白癬、金錢癬、扁平苔癬、盤形紅斑瘡等症(對大面積之斑狀牛皮癬除外)均有卓越功效。