主要用於减低胃酸分泌,例如可用於:消化性溃疡(胃、十二指肠溃疡)、胃酸过多、反流性食道炎和卓一艾综合症。奥美拉唑可与一些抗生素共用,以消灭胃肠内的Helicobacter pylori细菌,有助胃溃疡康复。它亦可用在防止及治疗非类固醇消炎剂所引起的溃疡。
皮肤痕痒、顽癣、湿疹、香港手、香港脚、皮肤炎、皮肤搔痒、神经性皮肤炎、牛皮癣、疥癞、股癣、股沟癣、(脾罅癣)、阴部皮肤癣或痕、龟头皮包炎、剥脱性皮肤炎、奶癣、头癣、汗癣、白癣、金钱癣、扁平苔癣、盘形红斑疮等症(对大面积之斑状牛皮癣除外)均有卓越功效。